Minkarizade ailesinin tanınmış ilk üyesi olan ve Mekke kadısı iken vefat eden Alanyalı Ömer Efendinin oğludur.1609’Da dünyaya gelmiştir.Önce Aziz Mahmud Hüdayi’den Kuran öğrendi,
daha sonra çeşitli alimlerden ilim tahsil etti.Birçok medresede müderrislik yaptıktan sonra kadı oldu.1649’da Mekke kadısı oldu. İki yıl süren bu vazifesini tamamladıktan sonra
Temmuz 1652’de Kahire kadılığına getirildi.Şubat 1662’de Rum ili kazaskeri oldu.Bu görevdeyken 21 Kasım 1662 tarihinde Divan-ı Hümayun toplantısı sonrasında arza girdiğinde sultan
4. Mehmed onu Şeyhülislamlığa tayin etti.11 yıldan fazla süren Şeyhülislamlığı döneminde Sultan 4. Mehmed’in takdirini kazandı.Padişah,zaman zaman kendisini davet ederek bilgisinden
faidelendi.Sultan 4. Mehmed’in huzurunda tefsir dersleri yaptı.Bu dersleri daha sonra Sultan 3. Mustafa döneminde sistematik bir hale gelen huzur derslerinin ilk hali olarak kabul
edenler vardır.
Kaynaklarda dürüst,faziletli bir alim olarak tanıtılmaktadır.Yahya Efendinin,İstanbul Kütüphanelerinde birçok yazma nüshası bulunan hacimli Fetva-yı Minkarizade adlı bir fetva kitabı
vardır.Ayrıca muhtelif dini konularda kaleme aldığı risaleler de vardır.Bazı Kur’an ayetlerinin tefsirini yapmış,ayrıca çeşitli kitaplara dipnot ve açıklamalar yazmıştır.1674 senesinde
ağır bir hastalık geçirdi ve Şeyhülislamlığı bırakmak zorunda kaldı.İstanbul’Da Beşiktaştaki yalısında Ocak 1678’de vefat etti.